Su origen es muy remoto. Se puede estimar la ocupación de Montoro por parte de los Túrdulos de la Beturia , aunque el hayazgo de unos diseños de más de ochenta símbolos, jeroglíficos y figuras semejantes a otros encontrados a orillas del Ison, en Siberia occidental y China septentrional podría indicar la presencia de pueblos de origen escítico o hiporbóreo.

Los historiadores fenicios y griegos Plinio, Tholomeo y el Itinerario Antonio la denominan con los nombre de Aipora, Ypora y Aypora, que en raíces griegas significa: mirador de cielo elevado o pueblo situado en una eminencia.

Más tarde y ya en la época romana se le llamo Epora o Republica Eporense, siendo una de las tres ciudades de Hispania confederadas con Roma.
Los árabes la ocuparon luego durante cinco siglos siendo denominado Kantara-Estesan.
Montoro fue reconquistado definitivamente en 1240 por parte de Fernando III.
En 1628 fue creado el Ducado de Montoro, que se adjudico al Conde-Duque de Olivares.